Le siège social de la CARFO est à Ouagadougou plus précisément à Ouaga 2000. Ses services ne sont pas complètement déconcentrés, mais les paiements des prestations sont assurés dans les localités autres que Ouagadougou par les services du Trésor Public à travers une convention financière signée entre les deux institutions.

De plus, dans la dynamique de la décentralisation, la CARFO s’est dotée depuis le deuxième semestre 2008 d’une direction régionale couvrant les hauts bassins et aussi depuis mai 2013 d'une direction régionale couvrant le centre ouest. D’autres directions régionales sont en cours de création.